Synteny and Comparative genomics

Welcome to see details in my github issues.

First, use Lastz for synteny block alignment.

Then use SVG for synteny block drawing.

And we found Circos more powerful on handing this.

说明,本文以下内容多数来自网络资源转载,像原作者致意,感谢他们的原创工作!如想详细了解，请点击衔接，接入原文！

Circos Installation

For OSX: you can refer to this os-x-installation-guide and this.

Read this first

Circos系列教程一安装

Circos系列教程二染色体示意图ideograms

Circos系列教程三突出标记Highlight

Circos系列教程四连线links

Tutorial

CIRCOS教程翻译 1.1——helloworld

CIRCOS教程翻译 1.2——ticks

CIRCOS教程翻译 1.3 ——染色体的变化

CIRCOS教程翻译 1.4——links和rules

CIRCOS教程翻译 1.5——histogram

CIRCOS教程翻译 1.6——axe和background

CIRCOS教程翻译 1.7——heatmap

CIRCOS教程翻译 1.8——label

CIRCOS教程翻译 2.1——ideogram

CIRCOS教程翻译 2.2——karyotype

CIRCOS教程翻译 2.3——filtering

CIRCOS教程翻译 2.4——order

CIRCOS教程翻译 2.5——breaks

CIRCOS教程翻译 2.6——spacing

CIRCOS教程翻译 2.7——tags

CIRCOS教程翻译 2.8——variable radius

CIRCOS教程翻译 2.9——label

CIRCOS教程翻译 2.10——anlge offset and orientation

CIRCOS教程翻译 3.1——Wedge Highlights

CIRCOS教程翻译 3.2——Embedded in Data File

CIRCOS教程翻译 3.3——Using z-depth

CIRCOS教程翻译 3.4——Radial Position

CIRCOS教程翻译 3.5——Ideogram Highlights

CIRCOS教程翻译 3.6——Ideogram Highlights

CIRCOS教程翻译 3.7——Focusing on a genome region

CIRCOS教程翻译 3.8——Plot axis range highlights

CIRCOS教程翻译 3.9——Drawing on top of data

CIRCOS教程翻译 4.1——Tick Marks, Grids and Labels

CIRCOS教程翻译 4.2——Margins

CIRCOS教程翻译 4.3——Label Margins

CIRCOS教程翻译 4.5——Grids

CIRCOS教程翻译 4.6——Label format

CIRCOS教程翻译 4.7——Relative Ticks

CIRCOS教程翻译 4.8——Single tick

CIRCOS教程翻译 4.9——Rings

CIRCOS教程翻译 5.1——Drawing Basic Links

CIRCOS教程翻译 5.2——Geometry

CIRCOS教程翻译 5.3——Formatting

CIRCOS教程翻译 5.4——Rule

CIRCOS教程翻译 5.5——Rule

CIRCOS教程翻译 5.6——Rule

CIRCOS教程翻译 5.7——Rule

CIRCOS教程翻译 5.7——Rule

CIRCOS教程翻译 5.9——Ribbons

CIRCOS教程翻译 5.10——Ribbon Twists

Cases:

circos输入数据文件格式化——depth，GC，geneskew

circos数据前5章小示