基因组拼接就是将测序得到的短 reads 还原成更长基因组序列的过程，
不同组装软件和组装策略采用的具体算法和细节不尽相同，
但总体上都经过如下几步：

a) Contig 组装

首先，利用 reads 间 overlap 和覆盖度情况，拼接出 contigs 序列；
Contigs 组装方法较多，软件丰富，算法实现侧重点不同，具体细节比较麻烦；
但从整体上来看，都是先将 reads 间 overlap 关系构图，然后具体去简化这个图。
短 reads 一般采用基于 Kmer 的 De Brujin Graph(DBG)，
传统长 reads 一般采用 Overlap-Layout-Consensus（OLC*) 或 String Graph（SG)。

b) Scaffold 构建

然后，将所有文库测序得到的 reads 比对回（map）初步得到的 contigs，
利用 reads 间的 PE（Paired-End）关系，将 contigs 序列
link 成更长的 scaffolds 序列，并利用不同梯度插入片段（Insert size）信息估计出 contig间距离，
用“N”衔接，形成一定的带洞（gaps）的较长的scaffolds序列。

c) Gap Filling 局部组装

最后，利用测序的双末端 reads 之间的配对关系 PE（Paired-End）
以及测序数据对已组装的 contig 的覆盖(coverage)信息，一对有 PE 关系的 reads
刚好其中一条比对到 contigs，而另一条根据插入片段长度估计刚好落在旁边的洞内，这样就能对 scaffolds 之间空隙进行补洞（局部组装），向两边延长 contig。补洞后的 contigs 长度可以得到较大提升。